Geografía
Río Apa que marca el límite con el Brasil.
Orografía y Suelos
En el territorio predominan, de norte a sur, las areniscas eólicas. En esta franja se produce el derrame basáltico del Este, rocas intrusivas también pueden encontrarse en la región.
La altura del departamento de Amambay es la más elevada de todo el territorio paraguayo, alcanza entre los 300 y 400 m. El Cerro de Punta Porá llega a los 700 m. La Cordillera de Amambay es el límite natural con Brasil, de ésta se desprenden las Serranías de Cerro Corá, Tacurupytá, Guasú, Alambique, Tuna y Tangaró. Cerros aislados son: Tranquerita, Tacuara, Verón Cué, Cuatiá.
Hidrografía
El Río Apa marca el límite, al norte, así como el Arroyo Estrella con el Brasil. El Río Aquidabán y sus afluentes el arroyo Tapiracuai, el río Aquidabán–mi, el arroyo Cabayu, y el arroyo Guasú.
Por el oeste del departamento lo bordea el Río Ypané, sus afluentes son el Tuyutí, el Aguaray Veve, Puente de la Tabla Puendy y el Ypané–mi.
Naturaleza y vegetación
Todo el departamento pertenece a la ecoregión del Amambay. El proceso de deforestación impacta en la región debido a que la riqueza forestal es enorme y la explotación maderera es intensa, también son importantes los "yerbales" de Ilex paraguariensis (o hierba mate) y los "montes" o boscajes de Stevia rebaudiana (o caajé). Algunas especies en peligro de extinción son el palmito, el caranday, arary, helecho amambay, trébol, yvyra paje (o ivirá-payé), kai kygua, ygary (o cedro misionero). En cuanto a la fauna, están en peligro el gua'a sa'yju (o guasaiyú), yacaré itá (o yacaré o caimán enano), guasutí (o ciervo de las pampas), el yaguareté (o jaguar o "tigre") está practicamente extinguido desde la segunda mitad del siglo XX, lo mismo que el mbeory (o tapir americano).
Son áreas protegidas:
Bosque Estrella, 30.000 hectáreas
Bosque Pira´y, 22.500 hectáreas
Cerro Guasú, 15.000 hectáreas
Cerro Sarambí, 15.000 hectáreas
Parque Nacional Cerro Corá, creado por el Decreto N°20.698 el 11 de febrero de 1976, declarándose una superficie de 12.038 ha. Se halla ubicado en el distrito de Pedro Juan Caballero.
En el territorio se encuentra una muestra del ecosistema del Parque Cerrado, con una fauna y flora muy variadas.
Límites
El departamento de Amambay está ubicado en el extremo norte de la Región Oriental del Paraguay, su ubicación geográfica es: entre los paralelos 55º 28´ y 57º 00´ longitud oeste y los meridianos 22º 05´ y 23º 05´ de latitud sur.
Sus límites son:
Al Norte: el Brasil, separado por el Río Apa y la Cordillera de Amambay.
Al Sur: el departamento de Canindeyú.
Al Este: el Brasil, separado por la Cordillera de Amambay.
Al Oeste: los departamentos de Concepción y San Pedro.
Clima
Temperatura media de 21 °C, la máxima alcanza en verano los 35 °C y la mínima en invierno -1 °C. Los meses más lluviosos son de enero a marzo.